Actualités

  • Atelier pratique de métabolomique – Pour comprendre et initier des analyses en métabolisme – 12 et 13 décembre 2016 (IMBE, Marseille)
    La formation s’adresse aux personnels de recherche qui souhaitent comprendre et interpréter les données de métabolomique, ou qui désirent s’engager dans l’utilisation de cette l’approche, ou à ceux qui l’ont déjà initiée et désirent approfondir leurs connaissances. La formation peut concerner des utilisateurs confirmés comme des personnes qui souhaitent découvrir ce que peut apporter la métabolomique et acquérir des prérequis indispensables. Il pourra s’agir de personnels techniques (techniciens, ingénieurs), de doctorants, post-doctorants ou d’enseignants et de chercheurs. Contact : Marie-Hélène Goletto (marie-helene.goletto@univ-amu.fr)
  • Starting Packages « Métabolomique » – Prochaine réunion d’analyse des demandes COURANT OCTOBRE
    Ces financements plafonnés à 5 000€ par projet seront destinés à l’achat de consommables pour les études de faisabilité dans la réalisation de projet en métabolomique faisant appel aux plateformes de la région.
    Les remontées se font au fil de l’eau, après prise de contact avec les personnes en charge des équipements que vous souhaitez utiliser et identification des éventuels besoins en consommables nécessaires à la mise au point de vos expériences.

  Formulaire_metabolomique_2016_v2

Présentation de l’action

Démarrée en 2013 à l’occasion de la première édition de l’appel à projet « émergence », la réflexion autour de cette thématique montante s’est construite au sein du Cancéropôle avec la mise en place d’un groupe de travail composé d’utilisateurs et responsables de plateformes.

L’objectif principal pour l’année 2016 vise à :

  • structurer les forces locales,
  • augmenter la visibilité de l’offre régionale,
  • stimuler les nouveaux projets et collaborations.

Financements : les Starting Package Métabolomique

Des financements incitatifs, plafonnés à 5000€ par projet, pourront être accordés par le Cancéropôle PACA après analyse de la demande soumise par les porteurs.
La procédure de demande sera publiée prochainement.

Ces financements seront destinés à l’achat de consommables dans le cadre de projets nécessitant des étapes de mise au point d’analyses. Ils seront utilisés par les plateformes réalisant les analyses.

Equipements en PACA

Plusieurs équipements permettant des analyses de métabolomique sont présents et accessibles dans la région. N’hésitez pas à nous contacter pour faire apparaître vos équipements et offres.

Contact : Delphine Sondaz (delphine.sondaz@univ-amu.fr)

Marseille

Nom du Responsable Site Equipement Utilisations possibles / Techniques proposées  

 

François DEVRED
contact
Plateau Microcalorimétrie CRO2, Timone
Faculté de Pharmacie
ITC200 Interactions moléculaires (constante d’affinité, stoichiometrie, variation enthalpie et entropie, nature de l’interaction) pour tout type de molécules en solution (ions à macromolécules)
VP-ITC Interactions moléculaires (constante d’affinité, stoichiometrie, variation enthalpie et entropie, nature de l’interaction) pour tout type de molécules en solution (ions à macromolécules)
VP-DSC Interactions fortes, stabilité thermique (biofluides, protéines, ADN, micelles, …), structure tertiaire des protéines
Jean-Charles MARTIN
contact
Faculté de Médecine – site Timone

Site web de la plateforme
GCMS acides organiques et sucres Métabolites primaires, analyses des biofluides (plasma/sérum, urines, eaux fécales), des cultures cellulaires, tissus
UPLC-ESI-QTOF composés polaires
UPLC-ESI-Qexactive composés polaires et lipidomique
Laetitia SHINTU
contact
Faculté de Saint-Jérôme-Marseille RMN liquide à 600MHz Noyaux détectés : 1H, 13C, 31P, 19F. Type de molécules détectées: toute molécule = 1mM,+ lipoprotéines (VLDL, LDL). Spectres 1D et 2D (COSY, TOCSY, HSQC, HMBC) pour identification structurale. Analyse de biofluides et extraits.
RMN HRMAS à 400MHz Noyaux détectés : 1H, 13C, 31P. Même type de molécules détectées et même type de spectres qu’avec le 600MHz Analyse de tissus intacts (sans extraction) ou gels.
Sophie VASSEUR
contact
CRCM, site de Luminy YSI 2950 (System-C-Industrie) analyseur de metabolites métabolites analysés en routine: glucose, lactate, glutamine, glutamate, autres possibles :,Ammonium, Potassium, Xylose, Ethanol, Methanol, Sucrose, Galactose,,Lactose, Choline, Glycerol

Nice

Responsable Site Equipement Type d’utilisations possibles / Techniques proposées Exemples
Rachid BENHIDA
contact
ICN, Université Nice Sophia Antipolis,
Site Valrose
RMN 200 et 500 MHz Noyaux détectés : 1H, 13C, 31P, 19F. Petites molécules et petites protéines/acides nucléiques. Spectres 1D et 2D (COSY, TOCSY, HSQC, HMBC) pour identification structurale.
1 Spectro GC/MS Thermo, 1 LC/MS Thermo, 1 TripleQuad, 1 ion Trap Principalement pour les petites molécules
Marc GAYSINSKI
contact
UNS-Sciences (ICN 7272 -PFTC)
Site Valrose
Nice
RMN – Avance 200MHz Mode possibles :,manuel et automatique (passeur d’échantillon) – régulation de température – etudes ciblées (5 sondes RMN : QNP 1H/13C,19F, 31P; TXI 1H-13C/15N; DUAL 1H/13C; DUAL 1H/19F; BB 1H/X)
RMN – Avance 500MHz Techniques : RMN 1D, 3D, 3D
Analyse de trace, Etude structurale, Analyse Conformationnelle, Cinétique réactionnelle, Etude d’interaction Ligand-Macromolécules,(proteines, ARN, ADN…), Macromolécules-Macromolécules
Gérard LAMBEAU, Delphine DEBAYLE & Anne-Sophie GAY IPMC
Sophia-Antipolis
nanoHPLC, UPLC, Orbitrap Q-Exactive plus, MALDI-TOF/TOF Analyses protéomiques identification et quantification
Analyses lipidomiques (en cours de développement), expertise en LC-MS petites molécules (développement en cours)
Lionel MASSI
contact
UNS-Sciences (ICN 7272 -PFTC)
Site Valrose
Nice
Spectrométrie de masse
GC/MS/MS (ion trap) Analyse de petites molécules vaporisables; lipidomique; empreinte chimique, identification; analyse quantitative
LC/MS/MS (Ion trap) Analyse de métabolites issus d’invertébrés marins ou de plantes; empreinte chimique, identification; analyse quantitative
Spectromètres non couplés (ESI) Réactions ions/molécules; études d’interaction
Aurélie SEASSAU
contact
UMR ISA,
Sophia-Antipolis
UHPLC-ESI-HRMS Métabolites secondaires de plantes et champignons: identification, profils ciblés et non ciblés Métabolites de type : phénoliques et glycoalcaloides stéroidiens.
Echantillons: simples et complexes.
SPR-Biacore Interaction protéines-petites molécules Petites molécules de type : xénobiotiques, pesticides.
Echantillons purifiés
Thierry POURCHER
contact
Plateforme B. Rossi, UMR CEA/UNS TIRO, Faculté de médecine site Pasteur
Nice
Nano-capillary-HPLC et UHPLC,
Orbitrap classic,
Orbitrap Q exactive plus,
Sources ESI, APCI, DESI-2D et AP-MALDI
Modifications chimiques (liées à des métabolites) du protéome par analyse shotgunAnalyse LC-MS du métabolome/lipidome/suivi isotope stable (cellules, tissus et fluides biologiques)Imagerie MS/2D

Avignon

Responsable Site Equipement Utilisations possibles / Techniques proposées Exemples
Raphael LUGAN
contact
UAPV,
Avignon
la plateforme sera installée en 2016-2017
GC-MS Métabolites primaires (AA, ac. Organiques, sucres, lipides, polyamines, etc)
UPLC-3QMS Métabolites secondaires, phénols, médicaments, carotenoides hormones
UPLC-HRMS profils non ciblés
MALDI-HRMS Analyse in-situ
HS-GC-MS Analyse des volatiles
HPLC-semiprep-MS Purification de composés pour identification