Dans le but de soutenir des programmes pluriannuels originaux et ambitieux afin de faire émerger, renforcer et structurer une thématique spécifique en Région Sud, le Canceropôle a financé plusieurs Actions Structurantes (AS) au cours des dernières années. Couvrant différentes thématiques allant de la bio-informatique, des approches « Single Cell » en passant par les modèles précliniques tridimensionnels avec 3D-Hub ou encore utilisant des outils génétiques de pointes avec CRISPR Screen, ces programmes sont un réel succès. Dans ce numéro spécial, nous faisons un focus sur « PETRA » et « SPATIAL TRANSCRIPTOMICS », les deux nouvelles AS qui ont démarré début 2023.
PETRA, pour Réseau PrEclinique et TRAnslationnel de recherche en neuro-oncologie, est un large consortium porté par une équipe de coordination regroupant Aurélie Tchoghandjian et Emeline Tabouret, toutes deux codirigeantes de l’équipe GLioME « Gliomagenèse et Microenvironnement » à l’INP (Marseille) et Thierry Virolle, chef de l’équipe « Cancer Stem Cell Plasticity and Functional Intra-tumor Heterogeneity » à l’iBV (Nice). Formé de plusieurs équipes partenaires hébergées par des laboratoires niçois et marseillais, ce réseau unique en France a pour principale mission de structurer et d’accompagner la recherche en neuro-oncologie : de la recherche préclinique à l’application clinique au plus proche du patient. Les trois axes de recherches sont le traitement des tumeurs cérébrales primitives, les métastases cérébrales et les problèmes de neurotoxicité.
Ce réseau offre trois plateformes :
- PETRA « TECH » : plateforme technologique accompagnant le développement de la recherche préclinique et offrant une large palette de modèles animaux et précliniques humains en 3D ainsi que des équipements de pointe tels que l’acquisition courant 2024 d’un irradiateur de petit animal SARRP, essentiel pour la recherche en oncologie et encore absent dans la Région Sud.
- PE « TRANSLA » : pour les études translationnelles à vocation clinique, avec un accès facilité aux collections biologiques annotées (en partenariat avec les Centres de Ressources Biologiques de Marseille et de Nice). Les cliniciens marseillais et niçois du réseau ont ainsi pour objectif de créer un pont collaboratif solide et pérenne entre eux et les différentes équipes de recherche fondamentale et préclinique afin de mener au mieux les projets vers des essais cliniques.
- PETR « ADVICE » : offre une interface de conseil et d’orientation pour la conception de plans expérimentaux ou des choix de modèles animaux utilisés.
Cette AS prometteuse et collaborative est financée par le Canceropôle depuis le 1er Janvier 2023 pour une durée de deux ans.
Lundi 20 mars 2023 a eu lieu, au sein du CERIMED, la réunion de lancement de PETRA. Cette journée a été l’occasion pour les différents acteurs, cliniciens et chercheurs, du réseau de se rencontrer et d’échanger autour des différentes thématiques et expertises proposées par PETRA. Chaque équipe partenaire a présenté ses différentes expertises mises à disposition dans le cadre de PETRA. La présence de l’association de patients ARTC Sud (soutenant ce réseau par le cofinancement du SARRP) a permis de rappeler l’importance du patient dans la recherche collaborative.
Un Matching Day permettant de mieux faire connaître le réseau au sein de la communauté du Canceropôle sera bientôt proposé d’ici fin 2023/début 2024.
Un formulaire de contact est d’ores et déjà disponible sur le site du Canceropôle en cliquant ici.
Pour toute demande, merci de contacter : contact@petranetwork.fr
Un site web sera bientôt opérationnel : https://petranetwork.fr/
Coordonnée par les équipes de Pierre Milpied, responsable de l’équipe « Immunologie intégrative des lymphocytes B » au CIML (Marseille), Emmanuelle Charafe-Jauffret, clinicienne pathologiste à l’IPC/CRCM (Marseille) et Pascal Barbry, directeur de recherche à l’IPMC (Nice), l’AS « Transcriptomique Spatiale » est axée autour des dernières méthodes de transcriptomique spatiale permettant l’analyse simultanée de l’expression de centaines de gènes sur des coupes de tissus avec une résolution spatiale. L’introduction d’une dimension spatiale à ces mesures trouve toute sa place dans la recherche en oncologie, où l’environnement et les tissus/cellules adjacent(e)s jouent un rôle clé dans l’agressivité de plusieurs types de cancer.
Ce consortium, composé de plusieurs équipes niçoises et marseillaises, a pour principal objectif de développer une expertise régionale de pointe sur des équipements dédiés à ce type d’analyse, de lancer des collaborations et des groupes de travail afin de faire progresser les connaissances de cette thématique et promouvoir son utilisation dans la Région Sud, en maîtrisant l’ensemble de la chaîne allant de l’étape de production/préparation d’échantillons à l’étape d’analyse des données à l’aide de logiciels dédiés.
Depuis fin 2022, le consortium dispose à l’IPMC du tout premier instrument MERScope de la société Vizgen installé en France qui permet de réaliser des expériences de « MERFISH » sur 500 gènes. Il est prévu qu’un équipement complémentaire soit acquis d’ici fin 2023 pour être installé au sein de l’IPC.
L’accès à ce type de technologies de pointe, accompagné du savoir-faire et des expertises des différentes équipes fondatrices de l’action, permettra de fédérer des compétences et de partager de solides connaissances dans le domaine de la transcriptomique spatiale, encore absentes dans la Région Sud et qui restent rares à l’échelle nationale.
Cette action structurante prometteuse et collaborative est financée par le Canceropôle depuis le 1er janvier 2023 pour une durée de deux ans.