Les actions structurantes du Canceropôle

Des réponses aux besoins de la communauté régionale

Après plusieurs exemples de projets régionaux mis en place ces dernières années par le Canceropôle, autour de la Bioinformatique, du Single Cell, de la Microscopie Virtuelle ou encore de la Métabolomique, les modalités d’émergence de ces réseaux régionaux collaboratifs évoluent.
Un appel à manifestation d’intérêt est lancé en 2018 qui vise à financer un à deux programmes pluriannuels originaux et ambitieux
de nature à faire émerger et/ou à structurer une thématique spécifique des forces ou opportunités présentes dans la région Provence-Alpes-Côte d’Azur.

Accessibles et ouvertes à tout membre souhaitant s’impliquer, elles reposent sur le maillage local et régional développé depuis bientôt 15 ans par le Canceropôle au sein de l’écosystème de la recherche en cancérologie (chercheurs, cliniciens, industriels, cellules de valorisation, pôles de compétitivité, réseaux…). Les actions se déploient sur plusieurs années : émergence, étude de faisabilité et d’impact, développement, transfert aux sites de la région, stabilisation… L’animation de chaque action est assurée par le Canceropôle, le pilotage par un groupe de travail dédié. Sa composition varie (chercheurs post-doc ou statutaires, cliniciens, ingénieurs…) selon la thématique, afin d’inclure les expertises nécessaires et d’associer des utilisateurs si la thématique s’y prête.


CRISPR Screen Action

Une technologie révolutionnaire de modification du génome

L’action entreprise

En 2018, le Canceropôle Provence-Alpes-Côte d’Azur a lancé un appel à candidatures (AAC) pour des nouvelles actions structurantes. Cet AAC a permis la création d’une action structurante dans la Région basée sur l’avènement récent d’une technologie révolutionnaire de modification du génome connue sous le nom de CRISPR/Cas9.
Cette action sur la génomique fonctionnelle s’inscrit tout naturellement dans la suite logique des soutiens apportés par le Canceropôle aux technologies innovantes telles que les analyses single-cell et la bioinformatique.

L’offre de la plateforme

Les criblages basés sur la technologie CRISPR permettent de pouvoir interroger à l’échelle du génome entier les conséquences fonctionnelles d’une modification génomique et de révéler ainsi comment des altérations génomiques dans des régions codantes ou régulatrices amènent à des changements phénotypiques.

Cette action structurante vise à :

– Créer une plateforme opérationnelle de génomique fonctionnelle des tumeurs et fédérer une recherche collaborative locale autour d’une technologie incontournable.

– Assister et conseiller les collaborateurs du Canceropôle Provence-Alpes-Côte d’Azur dans leurs projets de criblage en les accompagnant dans la planification et l’exécution de la procédure expérimentale : choix du meilleur système expérimental, production virale, préparation des banques de séquençage et analyse bioinformatique préliminaire.

Le réseau engagé

Le réseau CRISPR regroupe 4 équipes de Nice et Marseille, à savoir :

L’animation du réseau est assurée par le Canceropôle : suivi des projets en cours, revue des demandes d’analyses, réunions d’échange d’expertises et de partage du savoir-faire et des résultats.

Contact

Pour toute information concernant l’action CRISPR screen, votre interlocuteur au sein du Canceropôle est Irène YUJNOVSKY (irene.yujnovsky@univ-amu.fr).

Un formulaire de contact sera mis en place sous peu pour déposer une demande d’accès aux services.


Plateforme 3D-Hub

Des modèles cellulaires 3D au service de la recherche en cancérologie

L’action entreprise

Dans le cadre du soutien apporté aux technologies innovantes, le Canceropôle finance la création d’une plateforme dans la Région Sud basée sur l’utilisation de la culture d’organoïdes, tumoroïdes et sphéroïdes pour la recherche en cancérologie.

L’utilisation de modèles de culture en 3 dimensions permet l’étude de l’origine et de l’évolution des maladies cancéreuses, ainsi que l’analyse de l’effet de molécules anti-cancéreuses dans un système intégré en tenant compte des interactions multicellulaires. Les travaux réalisés au sein de la plateforme 3D-Hub contribueront à la compréhension des mécanismes de développement des cancers et à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques. Cette technologie représente une alternative intéressante à l’utilisation des modèles animaux en recherche. Dans le cadre d’une application en médecine de précision, les modèles 3D, représentatifs de la complexité biologique des cancers, pourront également servir d’outils de prédiction des réponses aux traitements oncologiques.

La plateforme 3D-Hub se compose de deux sites complémentaires partageant des expertises en culture 3D et imagerie créés sur Nice (3D-Hub-S) et Marseille (3D-Hub-O) pour fédérer une recherche collaborative locale autour d’une technologie puissante.

L’offre de la plateforme

La plateforme 3D-Hub a pour but de conseiller, former et accompagner les équipes de recherche en Région Sud dans leurs projets d’étude sur modèles 3D : développement de modèles d’organoïdes dédiés spécifiquement à la recherche en cancérologie, réalisation de criblage de molécules dans le but d’identifier de nouvelles drogues anticancéreuses, analyse de la réponse au traitement sur modèles 3D en préclinique. Les objectifs des deux sites plateformes sont les suivants :

  • 3D-Hub-O, Marseille

– création de mini-organes fonctionnels dans le but de modéliser la maladie en 3D à partir des cellules spécifiques d’un patient ou de cellules de modèles murins.

– étude de nouvelles thérapies sur des tumoroïdes humain en amont du développement d’essais cliniques.

  • 3D-Hub-S, Nice

– développement de sphéroïdes au sein d’une matrice extracellulaire pour le criblage de molécules anti-cancéreuses.

Le réseau engagé

Le projet 3D-Hub est porté par deux chercheurs localisés sur Marseille et Nice :

  • Géraldine Guasch, responsable scientifique de la plateforme 3D-Hub-O, CRCM, Marseille.
  • Cédric Gaggioli, responsable scientifique de la plateforme 3D-Hub-S, IRCAN, Nice.

L’animation du réseau est assurée par le Canceropôle : réception des demandes d’utilisation de la plateforme, suivi des projets en cours, revue des projets en comité de pilotage, réunions d’échange d’expertises et de partage du savoir-faire et des résultats.

Contact

Pour toute information concernant la plateforme 3D-Hub, votre interlocuteur au sein du canceropôle est Laure Verrier (laure.VERRIER@univ-amu.fr).

Un formulaire de contact sera mis en place sous peu pour déposer une demande d’accès à la plateforme.


BioInformatique

Renforcer votre expertise et la puissance d’analyse de votre équipe

À votre service

Pour répondre au défi engendré par la production haut débit de données de caractérisation moléculaire des tumeurs, le Canceropôle finance depuis 2013 plusieurs postes de bioinformaticiens dans les laboratoires (avec le soutien des Comités départementaux de la Ligue contre le cancer).

Ces experts vous conseillent et vous assistent pour de multiples analyses de données de séquençage génomique et transcriptomique. Vous pouvez également solliciter l’expertise des bioinformaticiens pour…
• vous accompagner dans la préparation de vos projets, expérimentations, articles,
• vous former,
• développer, améliorer, optimiser les outils, processus, pipelines d’analyses et de traitement de vos données.

Ces experts vous conseillent et vous assistent pour de multiples analyses de données de séquençage génomique et transcriptomique. Vous pouvez également solliciter l’expertise des bioinformaticiens pour…
• vous accompagner dans la préparation de vos projets, expérimentations, articles,
• vous former,
• développer, améliorer, optimiser les outils, processus, pipelines d’analyses et de traitement de vos données.

Pourquoi cette action

L’apport d’expertise et les analyses des bioinformaticiens viennent soutenir des travaux de recherche à fort impact en cancérologie, donnant lieu à de nombreuses publications (plus d’une vingtaine en 2016), au dépôt d’un brevet, et à la soumission de projets à des financements nationaux. L’objectif est également de transférer les expertises bioinformatiques issues de la recherche vers le soin dans une démarche de médecine personnalisée, via par exemple une démarche de passage en activité de routine des analyses en NGS, portée par les plateformes hospitalières de génétique moléculaire labellisées par l’INCa (PACA-Est, IPC).

Le réseau engagé

Le réseau BioInfo Paca regroupe 6 bioinformaticiens disséminés dans 5 sites de Nice et Marseille. Certains postes ont d’ores et déjà pu être pérennisés par les laboratoires, d’autres restent pris en charge par le Canceropôle.

L’activité des bioinformaticiens prend appui sur les plateformes et technologies dont la structuration régionale a été initiée et soutenue par le Canceropôle.
L’animation du réseau est assurée par le Canceropôle : suivi des projets en cours, revue des demandes d’analyses, réunions d’échange d’expertises et de partage de pipelines…

Contact

Pour bénéficier de l’expertise des bioinformaticiens, vous pouvez contacter  Irène YUJNOVSKY. ( irene.yujnovsky@univ-amu.fr)


Single cell

Une plateforme multisites ouverte à toute la communauté régionale

À votre service

Le Canceropôle soutient le développement des technologies d’analyses qualitatives et quantitatives des cellules individuelles en Provence-Alpes-Côte d’Azur. Nous avons notamment contribué au financement d’équipements pour la plateforme de l’IPMC, le plateau du CIML et celui du CRCM, œuvrant ainsi à la mise en place de la plateforme multisites Single cell, dont les technologies sont à disposition de l’ensemble des équipes de la région œuvrant en cancérologie.

Le Canceropôle prend également en charge l’étape de faisabilité des expériences que vous envisagez, via des financements incitatifs (Starting packages).

Pourquoi cette action

La plateforme multisites Single cell donne accès à toutes les méthodes nécessaires pour l’isolement et l’analyse de la cellule unique. Analyser chaque cellule isolée obtenue à partir de sang ou de biopsies de tumeurs permet d’identifier et de caractériser les cellules tumorales rares (telles que les cellules tumorales circulantes, ou les cellules souches cancéreuses) et cartographier l’hétérogénéité tumorale, avec un fort impact sur le pronostic et la mise en œuvre de la médecine personnalisée.

Les analyses réalisées via la plateforme ont contribué en 2016 à la 1re publication française décrivant une approche Single Cell RNAseq*, à la soumission de projets à des appels à projets nationaux, à la présentation de pipelines et analyses à l’occasion de congrès et workshops internationaux, ainsi qu’à de multiples collaborations.

Le réseau engagé

Animé par le Canceropôle, le réseau Single cell réunit les trois sites de la plateforme. Le Canceropôle assure également une activité de veille technologique et support aux équipes intéressées par les techniques de profilage single cell (qPCR ou RNA-seq).

Contacts

Pour plus d’informations et toute demande sur l’action Single Cell, votre interlocuteur au Canceropôle est Irène YUJNOVSKY. (irene.yujnovsky@univ-amu.fr)
Pour contacter une plateforme :


Métabolomique

De nouveaux moyens d’analyses pour vos projets

À votre service

Le Canceropôle a accompagné la montée en puissance des plateformes technologiques sollicitées pour des analyses de métabolomique appliquées à des projets de recherche sur le cancer. Cet appui prend notamment la forme d’apport d’expertises et la formation d’un réseau régional de métabolomique impliquant les plateformes présentes en Provence-Alpes-Côte d’Azur.

Pourquoi cette action

Plusieurs objectifs : structurer l’offre régionale d’analyse, faciliter l’accès aux plateformes pour les équipes souhaitant utiliser l’analyse métabolomique dans leurs projets, stimuler les nouveaux projets et collaborations.
Les Starting packages favorisent la visibilité de l’offre d’analyse et d’expertises disponibles sur les plateformes de Marseille et Nice, l’optimisation de leurs procédures et protocoles, l’obtention de résultats préliminaires valorisables (brevet, publications, communications orales, soumission de projets aux financements régionaux et européens…).

Le réseau engagé

Les plateformes en première ligne de la dynamique régionale animée par le Canceropôle :
Plateforme technologique de chimie de Nice (responsable : Mohamed Mehiri).
Plateforme de spectrométrie Bernard Rossi à Nice (responsable : Thierry Pourcher).
Plateforme de RMN métabolomique – ISM2 à Marseille (responsable : Laetitia Shintu).
• Plateforme BioMeT à Marseille (responsable : Jean-Charles Martin)

Contacts

Plusieurs équipements permettant des analyses de métabolomique sont présents et accessibles dans la région. Pour plus d’informations et toute demande sur l’action Métabolomique, votre interlocuteur au Canceropôle est Irène YUJNOVSKY. (irene.yujnovsky@univ-amu.fr)


Histopathologie expérimentale et microscopie virtuelle

L’imagerie de lames pour une interprétation partagée de l’analyse de tissus

À votre service

Recherche, diagnostic, soins, enseignement, formation, les applications de la microscopie virtuelle sont multiples. Le Canceropôle a financé (avec l’appui des comités départementaux de la Ligue contre le cancer) l’équipement en scanners de lames de quatre laboratoires de pathologie clinique et expérimentale, ainsi que la création, la maintenance et l’hébergement de la plateforme virtuelle Histo-Paca pour l’annotation et le partage des lames scannées.
Nous avons également confié à l’Université d’Aix-Marseille l’hébergement du logiciel TRIBVN de mise en réseau des images de lames.

Pourquoi cette action

Cette action donne à tous les cliniciens et chercheurs de Provence-Alpes-Côte d’Azur la possibilité de numériser et interpréter l’imagerie de lames par l’accès à des scanners haut débit, ainsi qu’à un logiciel performant d’annotation et de partage d’images. Une aide à l’optimisation, au classement et à la transmission de ces images est offerte aux utilisateurs par les personnels rattachés aux plateformes.
Outre la recherche, les scanners de lames et la plateforme Histo-Paca sont sollicités pour la formation des étudiants de médecine, ainsi que la prise en charge de cas cliniques (possibilité de relecture de lames, échanges dans le cadre de réseaux spécialisés nationaux, notamment gliomes et maladies thymiques).

Le réseau engagé

Les plateformes équipées en scanners sont à Marseille…

Et à Nice…

Contacts

Pour plus d’informations et toute demande sur l’action Histopathologie, votre interlocuteur au Canceropôle est Irène YUJNOVSKY. (irene.yujnovsky@univ-amu.fr)
Pour en savoir plus ou créer un compte sur Histo-Paca, vous pouvez contacter…

À Marseille :

À Nice :


Cohorte des Leucémies de l’Enfant et de l’Adolescent (LEA)

Un support de données pour vos recherches

À votre service

Le Canceropôle accompagne l’étude LEA, initiée en 2004 sur une cohorte rétro et prospective multi-centrique de patients survivants traités d’une leucémie aigue dans l’enfance, diagnostiquée depuis 1980. Notre aide se concentre sur la logistique commune mise à disposition du consortium pour valoriser les données de suivi exploitables dans vos recherches.
En 2016, LEA inclut 4181 patients, soit une file active potentielle plus importante que celle de la Childhood Cancer Survivor Study, le plus grande cohorte de suivi d’enfants ayant subi un cancer. Parmi ces patients, 767 ont reçu une greffe de cellules souches hématopoïétiques (20 %) et 2637 ont développé au moins une séquelle tardive (71 %).
Le dispositif repose sur un recueil de données au cours d’une visite médicale dédiée et de données auto-rapportées :
• Données démographiques et insertion sociale : structure de la cellule familiale, lieu de vie, études, activité professionnelle, ressources, soutien social.
• Système de soins : utilisation et filières (contacts, satisfaction : prise en charge initiale, suivi, relations, information…).
• Qualité de vie du patient, des parents / aidants.
Depuis son lancement, LEA a élargi le champs d’études (inclusion des lymphomes), les sites d’inclusion (15 CHU à ce jour), les déterminants étudiés (génétique en collaboration avec UMR-N. Levy, géographie en collaboration avec UMR-C. Voiron). L’interdisciplinarité a été renforcée, couvrant aujourd’hui la clinique, l’épidémiologie, la statistique, la psychologie, l’éthique, la génétique, l’immunologie, la géographie de la santé et les mathématiques.

Pourquoi cette action

Les progrès thérapeutiques réguliers ont transformé le pronostic des enfants et adolescents atteints de leucémies aiguës, posant avec une grande acuité le problème des effets secondaires tardifs, de l’insertion sociale mais aussi de la qualité de vie des patients et de leur entourage. Les grandes cohortes développées en population générale au niveau national ou international (I4C, EPIC, ELFE…) se limitent à l’étude des déterminants de survenue des cancers de l’enfant. La Childhood Cancer Survivor Study (CCSS), qui reste l’étude la plus importante, ne concerne que les populations nord-américaines et repose sur une évaluation déclarative. Par ailleurs, les registres nationaux des cancers de l’enfant, évaluant l’incidence et la mortalité, ne permettent pas de disposer de données individuelles détaillées sur le suivi de ces enfants. Une approche pluridisciplinaire reposant sur des cohortes prospectives de survivants de cancer, explorant spécifiquement le devenir de ces enfants, facilite l’identification des facteurs pronostiques de l’état de santé et de l’insertion sociale, et de proposer des stratégies de suivi mieux adaptées.

L’objectif général de l’étude LEA est donc d’étudier les déterminants (médicaux, socioéconomiques, comportementaux, environnementaux…) du devenir (état de santé, qualité de vie du patient et de son entourage, insertion socio-économique, relation au système de soins) à moyen et long terme de patients survivants (enfants, jeunes adultes) traités pour des hémopathies malignes. L’objectif secondaire est d’explorer la mortalité/survie de cette cohorte de patients à distance du traitement de la leucémie de l’enfance.

Les données de suivi collectées par LEA sont valorisées dans de multiples études et projets de recherche, donnant lieu à résultats, publications et financements nationaux.

Le réseau engagé

  • 15 CHU en France : Angers, Bordeaux, Clermont-Ferrand, Grenoble, Lyon, Marseille, Montpellier, Nancy, Nice, Paris (Saint-Louis/Robert-Debré), Paris (Trousseau), Rennes, Saint-Étienne, Strasbourg et Toulouse.
  • Quatre unités de recherche : UMR 910, UMR 7300, EA 3279, UMR 1018.

Contacts

Coordonnateurs et investigateurs principaux : Pr Pascal Auquier et Pr Gérard Michel.


Plateforme nationale Qualité de vie et cancer

Un support de données pour vos recherches

À votre service

En association avec 5 des 6 autres Canceropôles, le Canceropôle Provence-Alpes-Côte d’Azur met les compétences de ses équipes à contribution pour la plateforme nationale Qualité de vie et cancer, mise en place depuis 2009 à la demande de l’INCa. Pour les cliniciens, cette plateforme offre un accès simplifié aux principaux experts impliqués dans le champ de la qualité de vie et de l’oncologie en France. Couvrant les sciences humaines et sociales, la clinique, l’épidémiologie, la méthodologie, la psychométrique jusqu’aux mathématiques, cette expertise pluridisciplinaire fait émerger de nouvelles collaborations inter-équipes, et permet de fédérer des projets de recherches transversales sur la qualité de vie en optimisant leur compétitivité internationale.

Pourquoi cette action

La question de la qualité de vie est aujourd’hui centrale dans la recherche en cancérologie, et la recherche clinique en particulier. Les principales agences (FDA, NICE, HAS) ont vivement recommandé la prise en compte de cette dimension comme critère de jugement dans les dispositifs d’évaluation des stratégies thérapeutiques et de l’organisation des soins. Certaines études et essais de phase III sont aujourd’hui construits autour de ce critère, dont la plateforme nationale Qualité de vie et cancer vise à favoriser et optimiser l’utilisation. Elle poursuit pour cela plusieurs missions :
• Apporter aux cliniciens une expertise statistique et méthodologique pour la mesure de la qualité de vie dans les essais cliniques (phases II, III, IV), les études épidémiologiques, les études médico-économiques.
• Améliorer les connaissances méthodologiques pour la mesure et l’analyse de la qualité de vie en développant une recherche méthodologique de transfert.

En 2016, 23 publications ont été référencées dans le cadre de l’activité de la plateforme nationale Qualité de vie et cancer.

Contacts