Depuis 2023, le Cancéropôle IDF propose une formation en ligne dédiée à l’analyse de données de type single cell transcriptomique.
Cette formation en ligne que vous pourrez suivre à votre rythme pendant 9 semaines a pour objectif de vous initier à l’analyse de données Single Cell avec R Studio, en prenant l’exemple de l’analyse de données single cell RNAseq short read. Un cours d’approfondissement d’un jour, facultatif et réservé aux chercheurs franciliens, permettra à un nombre limité de personnes de revenir sur certains points de la formation, appliqués à leurs données.
INSCRIPTIONS OUVERTES JUSQU’AU 9 JANVIER 2026.
Objectifs
- Apprendre les bases théorique des analyses NGS et du traitement des données de type single cell
- Acquérir le vocabulaire et les notions nécessaires pour dialoguer de manière plus efficace avec les bioinformaticiens en charge des analyses
- Vous initier de manière pratique à l’analyse de données Single Cell avec R Studio, en prenant l’exemple de données RNAseq short read.
Remarque : Un cours dédié à l’analyse de données RNAseq de type bulk sur le même format est proposé de manière distincte. Toutes les informations sont accessibles sur la page dédiée.
Public concerné : Chercheurs biologistes travaillant dans le domaine du cancer, en poste dans un laboratoire académique et débutants en bio-informatique. Dans le cadre d’un partenariat entre cancéropôles, l’inscription est ouvert aux professionnels issus de laboratoires académiques français.
Prérequis : Aucun prérequis n’est nécessaire. Une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases théoriques concernant les analyses NGS sont inclus dans le programme de la formation.
Organisation
Le cours est organisé à la façon d’un MOOC : il se découpe en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio sous la forme de pas à pas en vidéo, pour vous permettre de reproduire chez vous les exercices sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des quizz ponctueront le cours afin de vous permettre de vérifier vos acquis.
Cette formation se déroulera de janvier à mars 2026 et vous demandera en moyenne 3 à 4 heures de travail personnel par chapitre. Vous travaillerez en autonomie et à votre rythme, les formateurs pourront répondre à vos questions une fois par semaine par le biais d’un forum.
Une session d’approfondissement avec formateurs aura lieu en mai 2026, pour un nombre limité de personnes. Elle sera réservée aux apprenants issus d’un laboratoire francilien et aura pour objectif de revenir sur certaines notions des cours et répondre à vos questions sur l’analyse de vos propres données.
Télécharger le Programme
Calendrier & Modalités d’Inscription
- INSCRIPTIONS OUVERTES JUSQU’AU 9 JANVIER 2026.
- Dates de la formation : du 28 janvier au 31 mars 2026.
- Formation MOOC sur 9 semaines / 4 chapitres, demandant 4 à 5 heures de travail par chapitre, à réaliser en autonomie et à son rythme (formation asynchrone).
- Cours d’approfondissement d’une journée : session de format “classique” avec des formateurs (formation synchrone), limitée à 20/30 participants franciliens.
Les frais de formation sont pris en charge par le Canceropôle Sud pour les chercheurs basées en Région Sud.
/!\ Les participants à la session d’approfondissement devront faire signer à leur employeur une convention de formation. Ils devront avoir suivi le MOOC dans son intégralité.
/!\ Les personnes dont l’inscription à l’approfondissement est validé s’engagent à être présents cette journée de formation. Les désistements de dernière minute occasionnent des frais non négligeables et mettent en péril la bonne organisation de futures sessions.