L’action entreprise
Dans le cadre du soutien apporté aux technologies innovantes, le Cancéropôle finance la structuration d’un réseau d’experts en Transcriptomique Spatiale.
Pourquoi la Transcriptomique Spatiale ?
Les technologies de séquençage sur cellules uniques fournissent des informations à une résolution sans précédent sur les programmes d’expression génique opérant au sein de tissus complexes, y compris dans des situations pathologiques de tumeurs. Les jeux de données produits par les technologies de séquençage sur cellules uniques requièrent d’isoler des cellules ou des noyaux uniques à partir d’une suspension cellulaire. Des informations essentielles concernant la localisation in situ des cellules dans leur tissu d’origine sont alors perdues. Plusieurs méthodes récentes permettent l’analyse à haut débit de l’expression des gènes au sein de leur tissu d’origine, avec une résolution spatiale largement inférieure à la taille d’une cellule : ces méthodes sont collectivement appelées « Transcriptomique Spatiale » (ST).
L’offre du réseau
L’action structurante de transcriptomique spatiale (ST-omics) a pour ambition de :
- Contribuer au déploiement régional d’équipements de pointe en ST, permettant l’analyse de plusieurs centaines à plusieurs milliers de gènes dans les tissus avec une résolution subcellulaire,
- Mettre en place un groupe d’experts en histogénomique et en biologie computationnelle apportant leurs expertises à toutes les étapes de la production, de l’analyse et de la validation des données en ST,
- Fournir des formations et des solutions d’analyse/exploration pour permettre à la communauté du Canceropôle de bénéficier d’un apprentissage rapide dans ce domaine.
Le réseau engagé
ST-omics s’articule autour de 3 sites pionniers dans l’utilisation des technologies ST en région Sud :
- Le CIML à Marseille (équipe de Pierre Milpied, plateformes Génomique et CB2M)
- L’IPMC à Valbonne (équipe de Pascal Barbry, plateformes UCA Genomix et CoBiODA)
- Le CRCM à Marseille (équipe d’Emmanuelle Charafe-Jauffret, plateformes ICEP et Cibi)
Notre réseau coordonne l’accès local à plusieurs technologies ST et multi-omiques adaptées à différents projets en cancérologie : 10x Genomics Visium, Vizgen MERScope, 10x Genomics Xenium, Miltenyi MACSima.
Notre réseau fédère une communauté de bioinformaticien.ne.s prêt.e.s à relever les défis des analyses de données ST : segmentation, déconvolution, annotation, interactions cellule-cellule, etc.